1967-1968 Eğitim ve Öğretim Yılı’nda, Kadıköy Bağdat Caddesi, Çiftehavuzlar mevkiinde hazine arsası üzerine, Milli Eğitim Bakanlığı tarafından temeli atılarak “Göztepe Lisesi İnşaatı” adı altında yapımına başlanan okulumuz, yine Milli Eğitim Bakanlığı, Orta Öğretim Genel Müdürlüğü’nün 01.07.1968 gün ve (125.35.13376) sayılı yazıları ile 20.08.1968 tarihinde, İlhami Ahmet Örnekal İlkokulu’nda ilk öğrenci kayıtlarına başladı.
Temelleri Göztepe Lisesi olarak atılan okulumuzun açılışı da 1968-1969 Eğitim ve Öğretim Yılı başında Göztepe Lisesi olarak yapıldı. Ancak, o tarihlere kadar, alt yapısı için Haydarpaşa Lisesi, Haydarpaşa Sanat Lisesi ve St. Joseph Lisesi’nin yetenekli sporcu öğrencilerinden faydalanan Fenerbahçe Spor Kulübü, Milli Eğitim Müdürlüğü’ne müracaat ederek sportif branşlarının alt yapılarında sporcu yetiştirmek amacıyla okulun adının “Fenerbahçe Lisesi” olarak değiştirilmesini talep etti.
Okulumuzun ilk müdürü, Geometri ve Matematik kitapları yazarı Tahsin Çizenel’in ve Yönetim Kurulu Başkanlığı’nı Faruk Ilgaz’ın başkanlığındaki, Kadir Has, Turgut Soydaner, Eşref Aydın, Ulvi Tümen, Sadun Erdemir, Erdal Kocaçimen, Hilmi Atakul, Ethem Şahinoğlu, Rüştü Dağlaroğlu, Sahit Canpolat ve Nedim Kaleci’den oluşan Fenerbahçe Spor Kulübü Yönetim Kurulu’nun çalışmaları sonucu, İstanbul Valiliği ve İstanbul İl Milli Eğitim Müdürlüğü’nün de onayları ile, 1968 Ekim ayı içinde okulda yapılan ve Fenerbahçeli ünlü sporcuların da iştirak ettiği coşkulu bir törenle, okulumuzun adı Fenerbahçe, renkleri sarı-lacivert ve logosu da Fenerbahçe Kulübünün logosu esas alınarak değiştirildi.
Kendi adını taşıyan bir okula sahip olan Fenerbahçe Spor Kulübü, sonraki günlerde hem okul idaresi ile, hem de Fenerbahçe Lisesi Eğitim Vakfı ile sportif ve kültürel alanda müşterek çalışmalara başladı. Eğitim Vakfı kurucularından Fuat Ensari’nin de önerisi ile “bu birlikteliğe kulüp tarafından özel bir hassasiyet gösterilmesi gerektiği” Fenerbahçe Spor Kulübü kongre üyelerinin kararı ile kulüp tüzüğü’nün 3 ncü maddesine ilave edildi. Ancak 22 Ekim 2005 tarihinde, yine kongre kararı ile bu madde tüzükten çıkarıldı.
1968-1969 Eğitim ve Öğretim Yılı’nın, 25.09.1968 günü, 1200 öğrencisi ile birlikte, 20 derslikten ibaret binasında hizmete giren okulumuz, 1975-1976 Eğitim ve Öğretim Yılı’nda, yeni binasını hizmete açmış, hem derslik sayısını, hem de öğrenci sayısını arttırmıştır. 1993-1994 Eğitim ve Öğretim Yılı’nda, 6 yeni hazırlık sınıfı açılmış, okulumuz ağırlıklı yabancı dil programı uygulaması ile Süper Lise kapsamına alınmıştır.
2012/2013 Eğitim ve Öğretim Yılı’nda da Anadolu Lisesi olmuştur.
